رژيم گياه خواری در دريافت پروتئين، كلسيم، آهن، ويتامين B12 و برخی از ريز مغذی ها همچون روی دچار كمبودهايی است.

اغلب مواد غذايی گياهی حاوی موادی به نام پيتاز و اگزالات هستند كه مانع جذب آهن می شوند،بنابراين ممكن است حتی با وجود مقدار آهن كافی در يك ماده گياهی جذب آهن به مقدار كافی صورت نگيرد و شخص با مشكل خونی مواجه شود.

 ويتامين  B12 در منابع حيوانی وجود داشته و كمبود اين ويتامين نيز منجر به كم خونی بسيار خطرناكی به نام پزيشز می شود.
كمبود ريز مغذی روی در سنين رشد باعث كوتاهی قد و اختلالاتی در رشد جنين در دوران بارداری می شود.
استفاده از غلات، حبوبات و سويا به صورت توام برای دريافت پروتئين كافی است . چنانچه فرد در سنين بزرگسالي رژيم غذايی گياهی   را برگزيند احتمال دارد كه ذخاير كافی B12 داشته باشد و نيازمند استفاده از مكملها نباشد.

 افرادی كه به رژيم غذايی گياهی روی می آورند در صورت استفاده  از مواد خوراكی غير مغذی همچون شكر و روغن همينطور استفاده از گياهانی كه از نظر ارزش غذايی  در سطح پایينی قرار دارند با مشكلات جدی  مواجه خواهند شد.